Jarðfræðilegar aðstæður í Hvalfjarðargöngum líkjast helst Blöndugöngum á syðri hluta leiðarinnar, en Ólafsfjarðargöngum á þeim nyrðri. Miðhlutinn er einhvers staðar þar á milli. Þessi samanburður kom fram í erindi sem Hreinn Haraldsson, jarðfræðingur og framkvæmdastjóri rannsókna- og þróunarsviðs Vegagerðarinnar, flutti á ráðstefnu verkfræðinga og tæknifræðinga í janúar 1994. Hann sagði meðal annars:
„Aðstæður á gangaleiðinni í Hvalfirði eru þannig, að jarðlagastaflinn er skorinn af fjölda bergganga og misgengja. Fyrirfram er ekki hægt að fullyrða að bergið sé þar þétt og því reiknað með að lekahætta sé helst frá einhverjum slíkra jarðmyndana. Hraunlög og millilög eru hins vegar að öllum líkindum með fremur lága lekt. Þótt hvert þeirra veiti tiltölulega litlu magni inn í fyrirhuguð göng getur þó heildarrennslið úr þeim orðið töluvert, ef ekkert er að gert t.d með bergþéttingu.“
„Með tilliti til vatnsleka ætti bergið á gangaleið undir Hvalfirði að vera mun þéttara en til dæmis í Vestfjarðagöngum, vegna meiri ummyndunar og holufyllinga. Þó verður ekki litið fram hjá því að búast má við töluverðum leka um lóðréttar sprungur og því hefur í öllum áætlunum verið reiknað með umtalsverðri bergþéttingu í Hvalfirði.
Við samanburð á kostnaðaráætlunum kemur í ljós að þær eru nokkuð hærri fyrir Hvalfjarðargöng en sambærileg göng í Noregi. Það er ekki síst vegna þess að hér er um fyrstu neðansjávargöng hérlendis að ræða, óvissa um aðstæður töluverð og því reiknað með heldur meiru en minna af bergstyrkingum, bergþéttingu og slíkum atriðum. Auk þess er jarðgangagerð einfaldlega dýrari hér en í Noregi.“
